离婚时，如果两个孩子都愿意跟随妈妈，但是父母双方不能达成一致的意见时，有异议的一方可以向人民法院提起诉讼，请求法院判决决定未成年子女抚养权的归属。法院在判决未成年子女抚养权的归属时，通常会考虑子女与父母之间的亲情关系；父母的个人情况、经济能力以及子女意见等多种因素。
同时，民法典还规定了对于八周岁以上的未成年人子女抚养权的归属，法院是会考虑该名未成年子女的个人意见的。因此，如果在离婚时，两个孩子都愿意跟随妈妈，同时他们已经年满八周岁，这时候存在异议一方应当及时收集证据，证明对方不适宜直接抚养子女，以及自己更具能力抚养未成年子女。
因为法院还是会综合多方面的因素，而不只是看未成年子女的意见，从最有利于未成年子女健康成长的原则出发，判决子女的归属权。
回答涉及到的法律依据：
《民法典》
第1084条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。
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