股东退股进行清算的方式如下：若只是部分股东退股的，只需要依法办理股权转让手续和公司的变更登记即可；如果是全体股东退股的，则公司需要成立清算组，编制资产负债表和财产清单、制定清算方案、及时通知债权人，然后以公司的财产清偿各债务后，办理注销登记。
【法律依据】
《中华人民共和国公司法》第一百八十五条清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。债权人申报债权，应当说明债权的有关事项，并提供证明材料。清算组应当对债权进行登记。在申报债权期间，清算组不得对债权人进行清偿。第一百八十六条清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。第一百八十八条公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
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