工程款代付合法。委托支付在商事活动中常见，委托支付也同样适用工程款支付，但应该有委托支付的相应协议文件，应明确委托人、受托人、收款人的权责利。
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第九百一十九条 委托合同是委托人和受托人约定，由受托人处理委托人事务的合同。
第九百二十二条 受托人应当按照委托人的指示处理委托事务。需要变更委托人指示的，应当经委托人同意；因情况紧急，难以和委托人取得联系的，受托人应当妥善处理委托事务，但是事后应当将该情况及时报告委托人。
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